Il monitoraggio delle varianti del virus negli Stati Uniti è migliorato dopo un avvio lento

Dopo un avvio lento, gli Stati Uniti hanno migliorato il proprio sistema di sorveglianza per tracciare nuove varianti di coronavirus come Omicron, aumentando la propria capacità con decine di migliaia di campioni a settimana dall’inizio di quest’anno.

I virus sono in continua evoluzione. Per trovare e tracciare nuove versioni del coronavirus, gli scienziati analizzano la composizione genetica di una parte dei campioni risultati positivi.

Cercano le lettere chimiche del codice genetico del virus per trovare nuove varianti preoccupanti, come l’omicron, e per seguire la diffusione di varianti conosciute, come il delta.

È uno sforzo globale, ma fino a poco tempo fa gli Stati Uniti hanno contribuito molto poco. Con test non coordinati e sparsi, gli Stati Uniti hanno organizzato la sequenza Meno dell’1% dei campioni positivi all’inizio di quest’anno. Ora, questi test vengono eseguiti dal 5% al ​​10% dei campioni. Questo è più in linea con la sequenza di altri paesi e Condiviso con tracker di malattie globali per tutta l’epidemia.

“La sorveglianza genomica è potente”, ha affermato Kelly Wroblosky, direttore delle malattie infettive per l’Associazione dei laboratori di sanità pubblica.

Contribuiscono a questo sforzo circa 70 laboratori statali e locali di sanità pubblica, che organizzano da 15.000 a 20.000 campioni ogni settimana. Altri laboratori, compresi quelli gestiti dai Centers for Disease Control and Prevention e dai loro appaltatori, portano il totale da 40.000 a 80.000 a settimana.

Nove mesi fa, ogni settimana venivano analizzati in questo modo circa 12.000 campioni.

“Siamo in un posto molto migliore rispetto a un anno o anche sei o nove mesi fa”, ha detto Kenny Beckman dell’Università del Minnesota, che ha riconosciuto la distribuzione di dollari federali a laboratori pubblici e privati. Dirige il laboratorio di genomica dell’università, che ora organizza circa 1.000 campioni a settimana da stati tra cui Minnesota, Arkansas e South Dakota. Un anno fa, il laboratorio non ha fatto una sequenza.

Attingendo a $ 1,7 miliardi nel disegno di legge di aiuto al coronavirus del presidente Joe Biden, gli Stati Uniti stanno lavorando per creare una rete nazionale per monitorare meglio i picchi di coronavirus.

Tuttavia, il dottor William Moss della Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health ha affermato che circa due dozzine di paesi si classificano per una percentuale maggiore di campioni positivi rispetto agli Stati Uniti. L’emergere di Omicron potrebbe “incentivare gli Stati Uniti a farlo meglio”.

“Penso che abbiamo ancora molta strada da fare”, ha detto Moss.

alcuni paesi è serializzato Il Dr. Phil Vibo, direttore medico di Illumina, una società con sede a San Diego che sviluppa tecnologie di sequenziamento genetico, ha notato che solo l’1% circa dei campioni, mentre altri sono nell’intervallo del 20%.

“Possiamo essere più sistematici su questo e più coerenti, quindi ci assicuriamo che non ci siano deserti per il monitoraggio genetico in cui potremmo perdere l’aspetto di una variante”, ha detto Fibo.

Con l’aiuto degli sforzi di monitoraggio, i test PCR standard che utilizzano tamponi nasali inviati ai laboratori possono rilevare un segno che qualcuno potrebbe avere una variante dell’omicron. Se il test PCR è positivo solo per due dei tre geni bersaglio – il cosiddetto risultato del test S-leak – è un segno dell’omicron anche prima della fase aggiuntiva del sequenziamento genetico per dimostrarlo.

È una fortuna”, ha detto Trevor Bedford, biologo e genetista presso il Fred Hutchinson Cancer Research Center. “Se hai bisogno di serializzare la selezione variabile, sarà sempre un po’ tardi e sarà più costoso. Se ti affidi solo a questo S-dropout come selezione, sarà più facile.”

Ha detto che anche altre variabili hanno suscitato questa inclinazione nei risultati del test PCR, ma non la variabile delta. Con Delta che domina gli Stati Uniti in questo momento, ha detto Bedford, l’abbandono di S sarà notato. (Bedford riceve finanziamenti dall’Howard Hughes Medical Institute, che supporta anche il Dipartimento della salute e della scienza dell’Associated Press.)

Il dottor Anthony Fauci, il massimo esperto di malattie infettive del paese, ha affermato che “non c’era modo” che O’Micron potesse raggiungere gli Stati Uniti.

Diversi esperti hanno affermato che probabilmente è già qui e sarà presto rilevato dal sistema di monitoraggio. Ma la domanda è quale sarà il prossimo?

“Non abbiamo il tipo di restrizioni ai viaggi interstatali che renderebbero possibile contenere il virus ovunque”, ha osservato il ricercatore sull’AIDS dell’Università del Wisconsin David O’Connor.

Invece, il monitoraggio genetico dirà ai funzionari se l’omicron si sta diffondendo a una velocità insolita in un luogo e se è necessario inviare più risorse in quei luoghi, ha affermato.

Quando Omicron emerge, le autorità sanitarie pubbliche dovranno considerare altre variabili negli sforzi di triage, come il livello di infezione già presente in quella comunità e il tasso di vaccinazione. Un focolaio della pericolosa malattia in aree altamente fortificate sarebbe particolarmente preoccupante.

Tuttavia, Beckman dell’Università del Minnesota vede poco vantaggio nel condensare significativamente la sequenza.

“Non ho bisogno di sequenziare più di una piccola percentuale dei casi positivi per avere un’idea di quanto velocemente stiano crescendo”, ha detto.

A differenza di altri paesi, i funzionari del governo degli Stati Uniti non hanno esercitato il potere di costringere le persone a mettere in quarantena se risultano positive a varianti preoccupanti. Detto questo, il sequenziamento è principalmente uno strumento di monitoraggio per tracciare la diffusione delle mutazioni.

“Penso che sia importante tenere traccia delle variabili, ma non credo sia pratico pensare che saremo in grado di sequenziare rapidamente e su una scala abbastanza ampia da fermare una variabile nelle sue tracce”, ha detto Beckman.

___

Hanno contribuito gli scrittori dell’Associated Press Laurent Niergaard, Matthew Perrone e Ricardo Alonso Zaldivar.

___

Il Dipartimento della salute e della scienza dell’Associated Press riceve il sostegno della Divisione di educazione scientifica dell’Howard Hughes Medical Institute. AP è l’unico responsabile di tutti i contenuti.